Светлое поле - базовый метод исследований с широкой областью применения. Объект наблюдается в проходящем или отраженном свете. Подходит для изучения как прозрачных неоднородных препаратов, так и непрозрачный образцов, но только в том случае, если они достаточно сильно рассеивают свет (металлы, минералы и др.).

Темное поле - метод предназначен для работы с прозрачными объектами и неокрашенными биологическими образцами, детали которых не видны в светлом поле - бактериями, тканевыми культурами, живыми клетками и др. Подходит для задач медицины и биологии. В процессе исследований минимизируется засветка и становятся видны даже незначительные отличия между отдельными участками препарата.

Флуоресценция - метод необходим для работы с образцами и веществами, которые светятся при ультрафиолетовом освещении. В таких микроскопах применяются мощный источник света, особая оптика и система светофильтров. Большинство образцов предварительно необходимо окрасить. Метод позволяет сочетать цветное изображение с достаточным уровнем контрастности объектов, он будет полезен при изучении клеточной микроструктуры, морфологии микроорганизмов и др.

Фазово-контрастная микроскопия - применяется при наблюдения живых неокрашенных микроорганизмов (клеток, тканей, вирусов). Позволяет получить четкое изображение объектов, которые при других условиях выглядят прозрачными и неотличимыми от окружения.

Микроскопы с верхней подсветкой